А настоящий отец (а может, он и не был виновником и только попался на горячем) был вначале посажен в тюрьму, а затем «упал в Тибр против своей воли», — писал церемониймейстер папского дворца Буркард (Бурхард). По Риму поползли скабрезные шуточки. Гуманист Саннадзаро даже сложил эпиграмму в виде эпитафии: «В этой могиле спит Лукреция, которая лучше бы звалась Тайс, потому что она была дочерью, супругой и невесткой Александра VI». Но Борджиа хранили абсолютное спокойствие, а Лукреция готовилась к свадьбе.
Наконец-то для истомившейся женщины был найден жених — Альфонсо Арагонский, герцог де Бисельи (Бишельи) — один из самых красивых принцев того времени, с любезными манерами и мягким характером, но главное — сын Неаполитанского короля, хотя и побочный. Будущий муж, подобранный братом, Лукреции очень понравился. В июле 1498 г. состоялась пышная свадьба. На вечернем маскараде Чезаре появился в костюме единорога — символа чистоты и верности. Это было очень смешно. Но этот брак оказался еще менее продолжительным, чем первый.
Как ни странно, Лукреция привязалась к мужу и ждала от него ребенка. Она успокоилась после женитьбы и отъезда Чезаре, но не смогла внушить Альфонсо, что угрозы нет. Он хорошо знал, как много людей пострадало от немилости Борджиа.
Укрывшись в Дженаццано, герцог зовет к себе жену. Но Александр VI, которому дочь безропотно подчинялась во всем, назначил ее губернатором в главную папскую крепость к северу от Рима Сполетто и в Фолиньо (1499 г.).
Эту должность обычно занимали только кардиналы и прелаты. На посту губернатора Лукреция пробыла всего два месяца, но, по признанию современников, успешно справлялась с обязанностями: за счет коммуны организовала корпус жандармерии для помощи полиции, обязала Сполетто и Терни заключить трехмесячное перемирие. Она была спокойна и счастлива, особенно после возвращения Альфонсо, который находился возле нее в момент рождения их сына Родриго — первого законнорожденного внука папы от всех его детей.
Лукреция только начала входить во вкус семейной жизни, как политические интересы потребовали от нее новой жертвы. 15 июня 1499 г. наемные убийцы Чезаре тяжело ранили молодого герцога, однако посчитали его убитым и бросили на мостовой. Слуги перенесли истекающего кровью господина к Лукреции, и она в течение месяца выходила его. Чезаре рвал и метал после посещения герцога, увидев заботу Лукреции. Ее он по-прежнему предпочитал жене и любовницам.
