Некоторое время провел послушником в знаменитом Макарьевском монастыре, неподалеку от Нижнего Новгорода, а потом стал священником. Его семейная жизнь оказалась трагической. Одного за другим они с женой потеряли трех малолетних детей. После этого он ушел из семьи в далекий скит на Белом море и постригся в монахи под именем Никона. Вскоре слух о его строгой, аскетичной, подвижнической жизни во славу Бога широко пошел по Руси. Его выбирают игуменом монастыря, а позднее представляют царю. Высокий, строгий, черноволосый, с пронзительным взглядом темных глаз, честный и прямой Никон произвел на религиозного царя сильное впечатление.
Его оставили в Москве.
Именно тогда около царя формируется кружок «ревнителей истинного благочестия». К ним принадлежал духовник царя Стефан Вонифатьев, выходец из священников Нижегородского уезда, ставший в Москве протопопом Аввакумом, просвещенный человек, близкий к царю окольничий Федор Михайлович Ртищев и некоторые другие. Все они были людьми высокообразованными, яркими, прекрасными ораторами.
Недаром их проповеди собирали огромное количество прихожан. Именно в этом кружке и появились идеи очищения церкви от старой скверны.
Особенно активно реформирование церкви пошло, когда патриархом стал энергичный целеустремленный Никон. При нем кроме уже предпринятых нововведений стали внедряться новые: поклоны в храмах только в пояс, а не до полу, двоеперстное крещение было заменено трехперстным. Началось широкое и повсеместное исправление книг, с которых теперь делали уже печатные оттиски.
Книгу исправляли в соответствии с нормами современного языка, что было вполне естественно и более понятно людям. Написанные не по древним канонам иконы убирали из церквей и заменяли новыми."
"По сути, все эти изменения были чисто обрядовыми, формальными. Они нисколько не затрагивали сущности религии. Напротив, они очищали церковь от вековых неверных, в том числе языческих, наслоений, делали её более ясной, понятной народу. Кроме того, Никон развернул широкую кампанию за усиление нравственности церковнослужителей, боролся против пьянства в церковной и монастырской среде, требовал истового исполнения служб и обрядов.
Но произошло неожиданное: если часть духовенства, понимая необходимость перемен, поддержала усилия «ревнителей» и самого Никона, то большинство церковников встретило новшества в штыки.
Малограмотные, давно погрязшие в мирских делах и расчетах священники, монахи враждебно отнеслись к дисциплинарным мерам Никона.