Но в это время русские неожиданно прекратили наступление. По настоянию Адашева с Ливонией было заключено перемирие, и силы переброшены на юг против Крыма. Избранная рада по-прежнему мечтала перенести центр военных действий на юг и вывести Россию к Черному морю, сокрушить Крымское ханство. Но для этого не было подходящих условий: Россия не имела на юге своего флота, без которого трудно было воевать с Крымом. Мешали и огромные расстояния, бездорожье, безводье.
Русские отряды дошли до Крыма, завоевали некоторые крымские земли и повернули обратно.
Но время для успешного продолжения войны в Прибалтике было упущено. Ливония использовала его для того, чтобы окончательно"" заручиться поддержкой Польши. За счет уступки части территорий Польше Ливонский орден был принят под её протекторат. Часть орденских земель отошли к Дании и Швеции. Тем самым Ливонский орден закончил свое существование как самостоятельное государство. Теперь Россия вместо одного противника имела против себя три грозные европейские державы — Польшу, Данию и Швецию.
В 1559 г. военные действия возобновились. Теперь уже ливонцы нанесли русским ряд поражений, и тогда Москва заключила мир с Крымом и бросила в Ливонию большие силы во главе с князем Курбским, одним из героев взятия Казани, туда же был послан уже попавший в опалу Адашев. В Москве его обвинили в слишком большой самостоятельности, серьезных ошибках во внешней политике и даже смерти царицы Анастасии, которая умерла в 1560 г., оставив Ивану IV двух сыновей — Ивана и Федора.
В первой же крупной битве в 1560 г. орденское войско было разгромлено. В руки русских попала вся артиллерия противника. Главная резиденция магистра Ордена замок Феллин захвачена, а магистр пленен и отправлен в Россию. Казалось, война скоро победоносно закончится. Но с юга уже грозили литовские войска, и русские воеводы побоялись углубляться дальше на территорию Ливонии. Царь обвинил Адашева в промедлении. Ему запрещено было возвращаться в Москву. Он получил незначительную должность воеводы Феллина.
Над всей Избранной радой теперь нависла угроза царской немилости. Вскоре земельные владения Адашева были конфискованы, а сам он переведен под стражу в захваченный Юрьев и вскоре скончался в темнице. Ходили слухи, что он покончил жизнь самоубийством.
В это же время пал и Сильвестр. Видя, что деятели Избранной рады одни за другим попадают в опалу, оказываются под арестом, идут на плаху, он попросил царя отпустить его в монастырь.
