Шейхи начали подзуживать наследника восстать против отца-вероотступника. Уговаривать долго не пришлось.
В октябре 1449 г. в окрестностях Самарканда вблизи селения Димишк произошло сражение между отцом и сыном. Войско Улугбека было разбито, сам каган бежал в Самарканд… Ворота цитадели оказались запертыми, шейхи не позволили властителю войти в собственную столицу. Вместе с Абд ал-Азизом и несколькими нукерами Улугбек отправился было в Шахрухию, город, возведенный Тимуром на берегу Сырдарьи в честь сына своего Шахруха.
Но и туда беглецов не впустили, даже пригрозили схватить и отдать победителям. Изгнанный отовсюду, каган решил сдаться на милость сына-победителя.
24 октября 1449 года Улугбек и Абд ал-Азиз подъехали к стенам Самарканда, спешились и смиренно воззвали к Абд ал-Лятифу о милости. Они были арестованы, и в тот же день Улугбек предстал перед судом шейхов – старший сын откровенно умыл руки. Каган отказался от власти и просил лишь об одном: позволить ему остаться в Самарканде и заниматься астрономией.
Суд повелел Улугбеку совершить хадж в Мекку и покаяться там во всех грехах. Ночью, тайно от Улугбека, шейхи возобновили суд и приговорили свергнутого правителя и Абд ал-Азиза к смерти, выдав на это особую фетву (вердикт, соответствующий нормам Корана). Только один казий Шемс-ад-дин Мухаммед Мискин отказался ее подписать.
Через три дня Улугбек и верный ему хаджи Мухаммед Хисрау в сопровождении нескольких нукеров покинули столицу. В ближайшем кишлаке их нагнал гонец с посланием: «Именем хана повелевается тебе, мирза Улугбек, остановить своего коня.
Не подобает внуку Тимура совершать хадж в таком скромном окружении. Ты не двинешься далее, пока не закончатся приготовления к путешествию, которое должно вызвать одобрение всех правоверных»."
"Тем временем к кишлаку уже мчался Аббас из рода Сулдузов, отца которого казнили за несколько лет до того по приказу Улугбека. Палач вез разрешительную фетву на убийство свергнутого кагана.
Едва Аббас появился в доме, где остановились паломники, нукеры и хаджи убежали. Улугбек пытался сопротивляться, но Аббас и сопровождавший его нукер связали пленника, вытащили его во двор и там при свете факела обезглавили.
Через два дня в тюрьме был жестоко убит Абд ал-Азиз.
В начале мая 1450 г. отцеубийца Абд ал-Лятиф увидел во сне, как ему на блюде подносят его собственную голову. Человек высокообразованный и разумный, он, как и отец, был мистиком.