Илиодор пришел в ужас – этот город населяли преимущественно евреи, поляки и литовцы. Черносотенцу там быстро пришел бы конец. За защитой монах поспешил в столицу к Феофану, который к тому времени уже стал ректором Духовной академии. Однако тот, хотя и был уже епископом, не имел сил противостоять Столыпину. Казалось, что Илиодор попал в капкан собственного энтузиазма. Но опальному монаху повезло – в кабинете Феофана он вновь случайно встретил Распутина.
К тому времени Григорий Ефимович уже был фаворитом царской семьи.
Взлетом своим старец был обязан Феофану, который ввел его в дом великого князя Николая Николаевича-младшего, а тот представил Распутина царице.
При встрече Илиодор стал плакаться на свои бедствия, и всегда отзывчивый на чужую беду Распутин взялся ему помочь. Старец организовал тайную встречу монаха с царицей в доме фрейлины Анны Вырубовой. Александра Федоровна попеняла Илиодору на конфликт с губернатором и велела возвращаться в Царицын. На следующий день Николай II отменил им же недавно подписанный указ о переводе Илиодора в Минск и милостиво повелел: «Разрешаю иеромонаху Илиодору возвратиться в Царицын на испытание в последний раз».
Григорий Ефимович был искренен в своей дружбе. Монах же втайне был преисполнен зависти. И скоро зависть эта принесла свои плоды.
В конце ноября 1909 г. прямо из Царицына Распутин вместе с Илиодором поехали на родину старца в село Покровское. По дороге Григорий Ефимович много рассказывал о себе и был откровенен. А уже в самом Покровском в подтверждение своих рассказов показал монаху письма от царицы и царских детей.
Уловив в послании царицы компрометирующий смысл (царица писала о том, что во время молитвы чувствует на себе руки Распутина), Илиодор украл шесть писем, включая детские. Посетил монах и «местного священника, отозвавшегося о Распутине как о мерзавце и развратнике, который “петербургских дур… в баню водит голыми”, так что жена их потом “за косы вытаскивает”» (А. Амальрик).
Илиодор не выдержал и донес Гермогену о «результатах» своей поездки в Покровское, предъявив в доказательство украденные письма.
Человек вспыльчивый и высоконравственный, Гермоген без проверки фактов доверился доносчику и вознамерился изгнать Распутина из дворца.
Было решено заманить Григория Ефимовича в Ярославское подворье – резиденцию архиепископа Гермогена, «обличить его, запереть его в угловую комнату, никого до него не допускать… подавать в комнату пищу и даже горшок» (А. Шляхов).