В 13 лет он предпринял первый, хотя и неудачный поход на охваченный гражданской войной Самарканд. Захватить главный центр Средней Азии и столицу Тимура Бабуру удалось только через год, вскоре после того, как ему исполнилось 14 лет. Причем необходимо отметить, что он и в самом деле командовал войском, а не был скромным придатком при опекунах-военачальниках.
Пока мальчик воевал, а затем осваивался в Самарканде, в Фергане назревал заговор. На беду, у Бабура не было средств, чтобы платить своим воинам, и после взятия города большинство из них разбежались, оставив полководца почти без войска.
В довершение всех бед Бабур тяжело заболел.
Когда весть о его болезни дошла до Ферганы, местные беки поспешили объявить правителем младшего сводного брата Бабура – 12 летнего Джахангира. Заодно они разорили город Андижан и убили несколько близких свергнутому повелителю людей. В феврале 1498 г. возмущенный Бабур выступил в поход для подавления мятежа. Но едва он покинул Самарканд, как местная знать отказалась признавать его власть.
В Фергану же юношу не пустили приверженцы Джахангира.
Хосров-Шах изъявляет покорность Бабуру. Средневековая миниатюра
Борьба за Фергану шла несколько лет, пока в 1500 г. братья не поделили владения между собой пополам. На следующий год Самарканд был захвачен предводителем кочевых узбеков Мухаммадом Шейбани-ханом, который сыграл важнейшую роль в дальнейшей судьбе Бабура и государства Великих Моголов.
Примерно в то же время случилась и забавная интрига, сделавшая правителя Бабура выдающимся поэтом, классиком узбекской литературы.
В 1499 г. он женился на своей двоюродной сестре Айше султан-бегум, но долгое время общался с ней очень редко и только по настоянию матери, которая вынуждена была периодически закатывать сыну шумные скандалы по этому поводу. Дело в том, что Бабур страстно и безответно влюбился платонической любовью в некоего юношу из торговой лавки. Целыми ночами правитель одиноко бродил за городом и сочинял стихи во славу своей любви, а при встречах с юношей днем пугался, впадал в философский катарсис, немел и смущался.
Самое забавное, что эти припадки неизменно случались с Бабуром и тогда, когда юноша приносил ему товары, купленные в лавке. Вскоре пути их разошлись, но по признанию самого поэта, безымянный слуга торговца до конца дней оставался для него Идеалом.
Многолетнее противостояние Шейбани-хана и Бабура завершилось для последнего катастрофой: Шейбани захватил не только Самарканд, но и Фергану.
