В этот же период окончательно сложилась и внутренняя планировка Кремля, в центре которого находилась Соборная площадь с монументальным Успенским собором и церковью Иоанна Лествичника, которая была возведена еще во времена Ивана Калиты. В 1485—1489 гг. именно здесь, на месте обветшавшей и разобранной церкви Благовещения (1397—1416), псковскими мастеровыми были построен трех-, а затем семиглавый Благовещенский собор, ставший домовой церковью великих московских князей и княгинь. Тогда же, в 1484—1486 гг., московские зодчие возвели рядом с Успенским собором одноглавую церковь Ризположения (1484—1486), ставшую официальной резиденцией и домовым двором митрополита Московского и всея Руси.
В 1487―1489 гг. на той же Соборной площади Марко Руффо и Пьетро Солари возвели здание Грановитой палаты, которая стала составной частью великокняжеского дворца и была предназначена для торжественного приема иностранных послов и делегаций.
При Василии III, в 1505―1508 гг. Алевиз Новый построил новую усыпальницу великих московских князей — собор Михаила Архангела, во внешнем облике которого особенно заметны многие выразительные элементы итальянского зодчества эпохи позднего Возрождения.
Параллельно с его возведением на месте снесенной церкви Ивана Лествичника началось строительство колокольни Ивана Великого, которое затянулось почти на сто лет, и было завершено только при Борисе Годунове в 1600 г. Тогда же на территории Кремля был построен новый ансамбль знаменитого Чудова монастыря (1504—1507), который был уничтожен в годы советской власти.
После завершения строительства кремлевского ансамбля началось грандиозное строительство новых оборонительных линий вокруг Москвы. В 1530—1534 гг. под руководством итальянского зодчего Петрока Малого были возведены кирпичные стены и башни знаменитого Китай-города. В начале 1580-х гг. под руководством знаменитого русского зодчего Федора Коня были построены стены и башни Белого города, протяженностью более восьми километров.
В 1591―1592 гг. под руководством все того же Федора Коня был возведен шестнадцатикилометровый деревянный Скородом, который опоясал весь московский посад."
"В конце XV―XVI вв. началось строительство каменных оборонительных линий во многих русских городах. В 1492 г. были построены стены и башни пограничного с Ливонским орденом Ивангорода. На рубеже веков было завершено возведение башен и крепостных стен новгородского и псковского кремлей. В 1508―1511 гг.