Леди Гамильтон была счастлива и беззаботно скользила по жизни, пока в сентябре 1793 г. не повстречала Горацио Нельсона, 35-летнего английского флотоводца. Чем мог привлечь изысканную Эмму «морской волк», служивший на флоте с 12 лет и в 20 лет (неслыханное дело!) ставший капитаном военного корабля? Однако дальше продвинуться по служебной лестнице сын деревенского пастора не мог. Смелость и бесстрашие гасли в постоянных конфликтах с начальством. Но подчиненные его уважали и были преданы своему капитану. И статью своею он не блистал: худой, щуплый, ниже среднего роста.
Один немецкий художник, рисуя его портрет, записал в дневнике: «Нельсон — самый незначительный с виду человек, которого я когда-либо видел; это горсть костей и высохшее тело… Он мало говорит и почти не улыбается». К тому же после любого перенапряжения (даже в постели с женщиной) с ним случались параличи и доблестный капитан… страдал от морской болезни. Но его изнутри сжигало желание славы. Честолюбивый и тщеславный Нельсон, будущая гордость Англии, весьма гордился дружбой с лордом Гамильтоном и его супругой.
Да и сам он был женат и предан своей Фанни, бережно опекал ее сына от первого брака, Джошуа Нисбета, и не помышлял об изменах.
Эмма вначале просто покровительствовала своему соотечественнику и сама не заметила, когда влюбилась. Но это было скорее платоническое чувство, в нем было что-то от материнской нежности к «хрупкому, как осенний листок», человеку и его пасынку. «Леди Гамильтон необыкновенно добра и ласкова к Джошуа.
Она молодая женщина безукоризненного поведения и делает лишь честь тому высокому положению, которого добилась», — сообщал Нельсон жене, следовательно, зная о ее прошлом. Эмма рассказала о себе все… и они стали друзьями.
Но лишь когда они расстались, леди Гамильтон поняла, что полюбила этого маленького человечка с храбрым сердцем. Пять лет она ждала его, писала письма, волновалась и делала, что могла, чтобы ее героя не обошли вниманием. Многие биографы Нельсона считают ее помощь несущественной, но сама Эмма только ради него терпела ухаживания Фердинанда, капризы королевы, без жалоб взвалила на себя всю переписку со средиземно-морским флотом Англии и обязанности шифровальщика.
Ей было обидно, что Нельсона никак не отметили за морское сражение за Корсику, где он был ранен и ослеп на правый глаз. Поэтому после победного сражения у Сен-Винсета Эмма лично переслала принцу Уэльскому доклад адмирала противника Кордова о тактике Нельсона.