Цезарь, преследуя врага, во главе большого флота вскоре прибыл в Александрию, где получил от царедворцев Птолемея XII голову и перстень соперника. Отказавшись от страшного дара, он, по рассказам биографов, оплакал гибель Помпея.
В завещании Птолемея Авлета было сказано, что гарантом его воли о престолонаследии является Рим. Помня об этом, а также и о том, что долг царствующего дома в 10 тысяч таланов так и не был выплачен, Цезарь вызвался уладить спор между братом и сестрой в надежде вернуть деньги и потребовал, чтобы обе стороны распустили армии и явились в Александрию на его суд.
…Легенда гласит, что однажды ночью в покоях Цезаря появился скромно одетый человек, неся на плече свернутый ковер. На все вопросы охраны следовал лаконичный ответ: «Это подарок Цезарю». Перед глазами изумленного римлянина и его приближенных из расстеленного на мозаичном полу роскошного ковра появилась очаровательная молодая женщина. Слуга, сицилиец Аполлодор, почтительно склонившись перед незнакомкой, произнес: «Клеопатра»…"
"О подробностях той ночи история умалчивает, но уже на следующий день Цезарь объявил Птолемею, что он должен помириться с сестрой и разделить с нею власть.
Обманутый в своих ожиданиях, царь сорвал с головы корону, бросил ее на пол и с криками «Меня предали! К оружию!» выбежал из дворца. Недовольные присутствием римлян, подстрекаемые Потином александрийцы словно только и ждали этого призыва. Вспыхнул мятеж, очень быстро переросший в настоящую войну, названную впоследствии Александрийской.
Всю зиму 48/47 г. до н. э. римский отряд во главе с Цезарем выдерживал осаду в резиденции египетских царей. Опасаясь, что его флот, блокированный в гавани, может достаться врагу, полководец приказал поджечь его. Огонь перекинулся на берег, уничтожив множество зданий, тогда же серьезно пострадала городская библиотека. Когда прибыло подкрепление, Цезарь разбил восставших и египетскую армию: Птолемей Дионис утонул во время бегства, Потин погиб, а Арсиноя, младшая сестра Клеопатры, выступавшая на стороне мятежников, была пленена, а затем выслана за пределы страны.
По праву победителя Юлий Цезарь мог объявить Египет римской провинцией, но вместо этого посадил на трон Клеопатру, обязав, однако, в угоду местным обычаям, а также во избежание лишних разговоров и недовольства, взять в мужья и соправители другого брата, Птолемея XIII Неотероса, который был на два года младше предыдущего царя. Брак этот, как и якобы совместное правление, был фиктивным.
