Немировичем-Данченко содиректором и крупнейшим пайщиком МХТ. Ради прекрасных глаз возлюбленной Саввушка влезал не только в финансовые дела театра, но и в репертуар, требуя для своей обожаемой Машеньки главных ролей. Станиславский, понимая «полезность» Андреевой, соглашался с требованиями щедрого мецената, а Немирович-Данченко отстаивал негласную царицу Художественного театра и свою ученицу О. Книппер-Чехову.
Конечно, Марию Федоровну это очень обижало, ведь она по праву была соучредительницей театра, участвовала в подготовке Устава, привлекала меценатов, договаривалась с подрядчиками.
Станиславский спокойно переложил на ее плечи ведение рутинных дел и целиком отдался творчеству. Андреева несколько лет мужественно выполняла эти обязанности, лишь бы играть ведущие роли в профессиональном театре. За шесть сезонов она с боем отстояла для себя 15 главных ролей в пьесах Чехова, Островского, Гауптмана, Ибсена, Шекспира. Пресса превозносила ее до небес. Театральный критик С. Глаголь после возобновленной постановки «Потонувшего колокола» писал: «Г-жа Андреева, чудесная златокудрая фея, то злая, как пойманный в клетку зверек, то поэтичная и воздушная, как сказочная грёза».
А С. Васильев в газете «Новости» добавлял, что в роли Оливии «она была так изящна и красива, настолько соответствовала шекспировскому образу, что напрашивалась на полотно художника».
Этапной ролью в творчестве Андреевой стал образ Кете в пьесе Гауптмана «Одинокие» (1899 г.) — в нем с особой силой проявилось ее лирическое дарование.
В этой роли она выходила на сцену 73 раза. Известная актриса В. Л. Юрьева вспоминала свое впечатление от игры Марии Федоровны: «Я до сих пор помню лицо Кете после самоубийства Иоганнеса: Кете падает на пол с зажженной свечой, и пламя играет в ее расширенных, застывших от ужаса глазах. Вообще М. Ф. Андреева в этой роли была так трогательно беспомощна, нежна и прекрасна, что обычное сравнение страдающей женщины со сломанным цветком на этот раз вполне выражало то, что видела публика».
Актриса была несравненной Ириной в «Трех сестрах» Чехова, необузданной, демонической Эддой Габлер, сказочным Лелем, тоскующей по любви Верой Кирилловной («В мечтах» Немировича-Данченко)… В сезоне 1902–1903 гг. доминирующее положение в театре с подачи Андреевой и Морозова заняли пролетарские пьесы Горького. В «Мещанах» роли ей не нашлось. Режиссеры утверждали, что ее внешние данные не подходят для изображения людей из народа.
