Назначен он был, как и Ежов, прямо накануне очищения и именно для того, чтобы разоблачать, арестовывать, пытать, вырывать признания и расстреливать. Весь процесс очищения Коммунистической партии, Красной Армии и железных рядов НКВД — на его революционной совести. С 15 апреля 1937 года, то есть с начала операции по очищению армии, М.П. Фриновский становится не просто заместителем, а первым заместителем Ежова и одновременно начальником Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР. В цепочке организаторов и руководителей очищения он был четвертым: Сталин — Молотов — Ежов — Фриновский.
В 1937-1938 годах все дела наркомов, маршалов, командармов 1 и 2 рангов, флагманов флота, комкоров, комдивов и комбригов шли непосредственно через него. Фриновский лично участвовал в арестах, допросах, пытках и расстрелах. Воспоминания о нем поражают однообразием: бандитская морда, бандитская стрижка, руки расписаны синими картинками бандитской романтики, бандитская речь и душа бандитская.
Повеселился товарищ Фриновский в своей жизни.
И чем дальше, тем жить ему было лучше, тем жизнь его становилась веселее.
Но пришла и его очередь.
529 июля 1938 года — пик террора. Мавры сделали свое дело — товарищи мавры могут удалиться. В августе 1938 года власть Ежова и Фриновского кончилась. Еще не формально. Но фактически. Друзей народа товарищ Сталин отводил от рычагов власти весьма осторожно. 8 сентября 1938 года М.П. Фриновский пошел якобы на повышение, но не требовалось особой смекалки, чтобы сообразить: Фриновского товарищ Сталин тоже «отфутболил на чердак», как многих до него.
Должность ему — нарком ВМФ. Сей флотоводец о флоте знал не очень много. Зарегистрирован один случай, когда флотоводец Фриновский ступал на палубу боевого корабля: это случилось в 1932 году — он инспектировал речные пограничные катера на Амуре. Великий юморист товарищ Сталин послал Фриновского во флот, не присвоив морского звания, не переодев в тельнягу и клеши. Правда, якоря, русалки и спасательные круги завлекательным узором покрывали могучее тело пахана Фриновского, но, кроме этого, его больше ничто с флотом не связывало.
Так флотоводец Фриновский и ходил по коридорам морского наркомата в сапогах, в развесистых галифе, в гимнастерке защитного цвета среди морских волков в черном.
Как же руководить военно-морским министерством человеку, который на флоте не служил и ничего о флоте не знает? Он и не руководил. Он занимался тем же, чем и раньше, — чистил флот от вредителей и шпионов.