Собравшись на ужин во дворце Питти, группа молодых арраббиати заверила фра Франческо и его орден, что на подобное испытание Савонарола никогда не решится. Его отказ, говорили они, покажет Флоренции, что подлинной веры в то, будто Господь Бог спасет его, у Савонаролы нет."
"И вот в этот момент флорентинцы выступили против Савонаролы по соображениям чисто политическим. Семь лет терпели они постоянные распри и раздоры, живя под угрозой папского проклятия и отлучения города от церкви, что сразу привело бы к прекращению торговли и самой ужасной смуте.
Город нуждался в трехпроцентном налоге на церковное имущество, и папа был согласен разрешить этот налог при условии, если Савонарола смирится и смолкнет. Флорентинские избиратели лишили доверия Синьорию, поддерживавшую Савонаролу, и выбрали новый Совет, враждебный ему. Во Флоренции, как во времена гвельфов и гибеллинов, назревала гражданская война.
Седьмого апреля на площади Синьории был возведен помост, бревна его вымазали смолою. Собралась огромная толпа зрителей.
Францисканцы не желали выйти на площадь, требуя, чтобы фра Доменико входил в огонь без гостии. Часы ожидания шли и шли, пока не разразилась буря и не пошел дождь, заливший помост и разогнавший толпу; ни торжество костра, ни сожжение теперь было уже невозможно.
На следующую ночь арраббиати напали на монастырь Сан Марко и перебили немало последователей Савонаролы. Синьория начала действовать и арестовала Савонаролу, фра Доменико и фра Сильвестро, второго помощника Савонаролы, заключив их в колокольную башню своего дворца.
Папа направил во Флоренцию своего агента, требуя, чтобы Савонаролу доставили в Рим. Синьория отказалась выполнить это требование, но назначила комиссию Семнадцати, которая должна была допросить Савонаролу и добиться у него признания в том, что его проповеди не были внушены Богом.
Савонарола твердо стоял на своем. Комиссия пытала его, сначала истязая на дыбе, а потом вздергивая на веревках и внезапно швыряя на пол. Савонарола впал в беспамятство, начал бредить, а затем согласился написать признание.
Прекратив пытки, его отвели в темницу. То, что он написал, Синьорию не удовлетворило. Его стали пытать снова. Истощенный постами и ночными молитвами, Савонарола не выдержал мучений и подписал признание, составленное нотариусом, хотя сделал это не сразу, а уже после третьих пыток.
Комиссия признала Савонаролу виновным в ереси. Специальный совет присяжных, созданный Синьорией, приговорил его к смерти.