Обсуждались лишь вопросы масштабов этих совнархозов, их внутренней структуры, сферы их деятельности и т. д. И если главы ряда крупных регионов, в частности первые секретари Хабаровского крайкома, Иркутского и Львовского обкомов партии Алексей Павлович Шитиков, Борис Николаевич Кобелев и Михаил Константинович Лазуренко, выступали за создание укрупнённых совнархозов в рамках нескольких соседних регионов, то подавляющее большинство их коллег ратовали за создание «карманных» совнархозов в границах собственных «удельных княжеств».
Между тем в верхних эшелонах власти продолжались бурные дискуссии на сей счёт. Например, на заседании Президиума ЦК, состоявшемся 26 апреля 1957 года, В.М.Молотов, Л.М.Каганович и Е.А. Фурцева в очередной раз говорили о поспешности принимаемых решений, а на заседании Комиссии по вопросу о реорганизации управления промышленностью и строительством, прошедшем через день, зампред Госэкономкомиссии СССР Алексей Николаевич Косыгин, председатель Госплана СССР Николай Константинович Байбаков, министр строительства СССР Николай Александрович Дыгай, министр нефтяной промышленности СССР Михаил Андрианович Евсеенко, врио министра лесной промышленности СССР Иван Емельянович Воронов и другие ораторы резко выступили против ликвидации отраслевых министерств и создания совнархозов.
При этом Н.К. Байбаков в качестве возможной альтернативы предложил создать на местах укрупнённые территориальные управления промышленных министерств и ведомств, но это предложение не встретило поддержки у большинства его коллег[480]. Однако, как справедливо отметили специалисты (С.Г.Коваленко, В.Н.Горлов[481]), позиция союзных министров уже мало интересовала Н.С.Хрущёва. Для него куда важнее была позиция секретарского корпуса страны, которая в итоге оказала самое серьёзное влияние на весь дальнейший ход событий и принятые решения.
Не дожидаясь одобрения своих новых предложений, игнорируя заключение руководителей союзного правительства и нарушая установленный порядок согласования решений на Президиуме ЦК, он сразу внёс данный вопрос на майскую сессию Верховного Совета СССР.