Русский флот на Черном море все время оставался, так тогда говорили, «закупоренным в бутылке», не имея возможности свободно перемещаться по пространствам морей (каждый переход через проливы был сопряжен со сложностями, так как надо было получать разрешение турецкого правительства). Сдерживалось и развитие торговли: за проход через проливы турки заставляли платить высокий налог, что повышало стоимость всех товаров, ввозимых в Россию и вывозимых из нее.
Кроме того, правительство султана поддерживало сепаратистские движения на Кавказе, оказывая им не только моральную, но и материальную и военную помощь.
Это открыто проявилось во время войны с Шамилем. Хотя после разгрома движения Шамиля и замирения Кавказа никаких военных действий там больше не велось, но в самой Турции открыто действовали различные религиозные группы, призывавшие начать «священную войну» (джихад) против русских на Кавказе. Подобная деятельность, осуществляемая при поддержке правительства султана, вызвала раздражение и возмущение в России.
Существовала и ещё одна историческая причина, осложнявшая отношения между Петербургом и Стамбулом: национально-религиозный вопрос. Господствующей религией в Турецкой империи являлся ислам, и большая часть населения (турки и арабы) являлись мусульманами. Но в этой огромной империи проживало немало народов, исповедовавших иные религии и не считавшие Коран своей священной книгой (болгары, сербы, греки, армяне, евреи и др.).
С самого начала существования Турецкой (её ещё называли Османской по имени основателя правящей династии Османа) империи, а она начала складываться в XIV–XV вв.
в результате завоеваний в Средней Азии и на Ближнем Востоке, немусульмане («неверные») подвергались притеснениям и насилию. Эта политика то ослабевала, то вновь усиливалась, но никогда на протяжении существования Турецкой империи не прекращалась. Храмы неверных часто разрушались, а их самих облагали высокими налогами, лишали имущества, превращали в рабов, а часто и убивали. Причем, согласно нормам ислама, убийство неверного («гяура») даже не считалось преступлением.
В России всегда остро переживали преследования православных христиан. Когда в XVIII в. начались русско-турецкие войны, то царское правительство, помимо военно-стратегических результатов, непременно стремилось добиться от турецкой стороны уступок и послаблений для проживавших в Турции христиан. Турки соглашались на подобное с большой неохотой и только в случае ощутимого военного поражения.