Началась вторая, увы, очень короткая половина его правления, которая продолжалась четыре года. Но какими они оказались насыщенными! Что ни год — то новшество, повороты во внутренней политике, масштабные реформы, смелые проекты на будущее. Эти четыре года — до смерти царя в 1682 г. в возрасте всего 20 лет — стали важным периодом в истории страны, потому что во многом они предвосхищали реформы Петра I.
Вновь появился верховный орган, куда сходились все спорные вопросы из других приказов — Расправная палата.
Она подчинялась непосредственно царю. Федор Алексеевич все чаще подписывает указы лично, без совета со старой Боярской думой. Сократилось количество приказов. Некоторые из них, в частности ответственные за военное дело, объединились под одним руководством. Царь установил часы работы центральных ведомств и требовал решать дела быстро и «безволокитно».
Царь со своими молодыми помощниками, среди которых были окольничий Языков, стольники братья Лихачевы, боярин и воевода В.
В. Голицын, приступил к проведению важных реформ в военной, финансовой областях и в сфере центрального и местного управления.
Продолжалось формирование полков нового строя, разделенных на сотни и роты, во главе которых вставали иностранные военачальники. Некоторые из них позднее остались и при Петре. Все служилые люди государства были разбиты по территориальному признаку. Появилось девять военных округов, где комплектовались полки, которые в случае необходимости вливались в единую армию.
Здесь же в армию определяли и «даточных» людей, которых были обязаны поставить из своих поместий дворяне. В дальнейшем эта линия получила развитие уже во времена Петра I. Всеми военными делами ведал глава объединенных военных приказов. Произошла подлинная централизация военного дела в стране.
В то же время правительство Федора Алексеевича всячески поддерживало собственность дворян на землю и право на эксплуатацию крестьян. Ряд указов все более сближал поместья с вотчинами.
Для того чтобы добыть дворянам дополнительные земли, царь приказал создать против татарских набегов новую засечную черту, продвинув её глубоко на юг, а оставшиеся в тылу земли заселить людьми и отдать их помещикам. Усилился и ожесточился сыск беглых крестьян. В этой области жизни страны смягчения не предвиделось.
В финансовой области правительство Федора Алексеевича пошло на упрощение и сокращение налогов.
