Многих бояр повысил в чинах. Для облегчения участи простых людей новый царь отменил все недоимки по налогам, облегчил само налоговое бремя. Годунов всячески поощрял торговлю как внутри страны, так и с зарубежными странами, давал купечеству различные льготы. В то же время в благодарность за поддержку Борис восстановил ряд податных привилегий церкви, отмененных ранее Грозным.
И конечно, он всячески стремился поддержать хозяйство среднего служилого класса — дворян. Именно в их пользу он жертвовал крестьянскими интересами.
Годунов всячески возвышал незнатных, но способных людей, противопоставил их родовитому боярству. В этом он предвосхитил позицию Петра I. Но в свою очередь новый царь требовал от дворян честной и деятельной службы, что не нравилось некоторым из них, привыкшим к вольной жизни и необременительной службе. К тому же Годунов преследовал казачество, жестоко наказывал, в том числе дворян, за сношения с этими «рыцарями дикого поля». Он пытался ввергнуть казаков в тягло (налоги, работы, включая труд на государственных пашнях), что вызывало в свободолюбивом казачестве резкие протесты.
Пробовал Борис навести порядок и в приказах. Особенно он обрушился на взяточничество. По существу, это был первый русский царь, который поднял руку на чиновников и судей-взяточников. Если во взятках уличали дьяка, то его возили по всему городу и секли плетью. При этом на грудь ему вешали мешок со взяткой, будь то деньги, меха или другой товар. Но взяточничество не уменьшалось.
Мздоимцы только стали осторожнее, и цены на их услуги возросли. В лице приказного дьячества Годунов также приобрел злейших противников.
Не отличаясь хорошим образованием, Борис Годунов тем не менее был страстным поборником просвещения. Он высоко ценил западную культуру, любил беседовать с иностранцами, помогал им обустроиться в Москве. При нем расцвела немецкая слобода Кокуй, где была построена протестантская кирха. Этим он вызвал неудовольствие части православного духовенства.
Годунов содействовал развитию в стране книгопечатания, строительству типографий в разных городах. Мечтал он о создании школ и даже об открытии университета на западный манер. Первым же из русских царей он стал посылать дворянских детей за границу для обучения разным наукам и ремеслам. Но из 18 посланных ни один не вернулся на родину, все решили остаться жить за рубежом.
Особой страстью нового царя стало строительство, в котором он видел прогресс страны.
