Позднее его сестра Ирина стала женой Федора Иоанновича, и с этой поры Борис вошел в состав двора второго по старшинству царского сына. Но он по-прежнему оставался любимцем Ивана IV.
В свои 30 лет, за два года до смерти Грозного, он получает сан боярина и стремительно входит в круг самых влиятельных лиц государства. Борьбу за власть молодой боярин начал сразу же после смерти Грозного. Но поначалу — на вторых ролях.
По завету Ивана IV пятеро крупных деятелей Московского царства — его сподвижников и родственников должны были опекать болезненного и мало способного к управлению огромной страной Федора.
Это были боярин Никита Романович Захарьин-Юрьев, князья Иван Мстиславский, Иван Шуйский, бояре Богдан Вельский и Борис Годунов. Это был, по существу, регентский совет. Вскоре его члены выступили против Вельского, пытавшегося вернуть опричные порядки.
Годунов начал оттеснять от власти членов совета одного за другим.
К 1588 г. все основные соперники Годунова повержены. Начинается десятилетие фактического правления Бориса.
Царь жалует ему небывалый до той поры на Руси титул «правителя». В 1589 г. Годунов помогает своему ставленнику митрополиту Иову получить титул патриарха. Отныне усилившаяся русская церковь становится его прочной опорой.
Но будто злой рок преследует всемогущего боярина. И «урочные лета», окончательно сковавшие свободу крестьян, и законы против холопов 1597 г. народ, как и прежние беды, все чаще связывает с именем всесильного фаворита. К тому же народная молва обвинила Бориса Годунова в убийстве царевича Дмитрия, единственного оставшегося в живых, кроме угасающего Федора, сына Ивана Грозного.
Не принесла Годунову популярности и война со Швецией в начале 90-х гг. Он вместе с царем по примеру Грозного возглавил поход на Нарву. И хотя часть захваченных шведами земель Москва вернула (города Ивангород и Копорье) и получила балтийское побережье между устьями рек Невы и Наровы, но Нарву — основной русский порт в здешних местах взять не удалось. Мир со Швецией лишь отодвинул решающую схватку с ней на будущее.
Со смертью царя. Федора Иоанновича в январе 1598 г. противоречия между верхушкой боярства и Годуновым обострились ещё сильнее.
Борис поначалу стремился передать трон своей сестре — царице Ирине, благо наследников ни у Ивана IV, ни у Федора не осталось. Тем самым он хотел сохранить свою ведущую роль в государстве. Но Ирина правила страной лишь полторы недели и столкнулась с сильной оппозицией со стороны Боярской думы.
