Сразу же после смерти монарха за спиной тихого Федора началась жестокая борьба за власть между фаворитами, различными боярскими группами. Все большее преимущество в этой борьбе получал напористый, энергичный, умный и беспощадный Борис Годунов. Он пользовался тем, что его сестра была женой царя и стремительно оттеснял своих соперников.
Вскоре Годунов добился устранения от дел Вельского. Опасность для всемогущего боярина представлял и маленький царевич Дмитрий. Ведь кому-то могла прийти мысль, что слабого и нездорового Федора можно заменить маленьким Дмитрием.
А это означало бы, что влиянию Годунова мог придти конец. Наконец, после смерти болезненного Федора Дмитрий официально мог взойти на престол.
Дмитрия вместе с матерью услали из Москвы в Углич, который по старой традиции дали ему в удел. Годунов продолжал оттеснять от трона других родовитых бояр. Отправлены в ссылку братья Шуйские, а герой обороны Пскова Иван Шуйский в ссылке был умерщвлен. Потом наступила очередь бояр Романовых, родственников первой русской царицы Анастасии Романовой.
Поставил Годунов своего человека и на высший церковный пост. В 1589 г. в России было утверждено патриаршество. Первым русским патриархом стал ставленник Годунова Иов."
"На правление царя Федора Ивановича приходится дальнейшее закрепощение русского крестьянства, ухудшение положения холопов. Теперь режим «заповедных лет», запрета переходов крестьян, который действовал в некоторых уездах, распространился на всю страну.
Он перестал быть временной мерой, а стал постоянным законом. Это был ответ правительства на участившиеся случаи бегства крестьян из центральных уездов в основном на южные окраины страны. Уходили они также из бедных помещичьих хозяйств на земли богатых вотчинников и монастырей, где можно было получить в хозяйстве подмогу и льготы. Крестьяне бежали от тягот растущих повинностей, податей в условиях оскудения страны. В то же время правительству было выгодно, чтобы часть населения переместилась в южные, недавно захваченные районы и помогала освоению и обороне приграничных уездов.
В 1597 г. правительство Федора — Годунова ввело «урочные лета». Если раньше бежавшего на новые земли крестьянина искали бессрочно и могли в любое время вернуть владельцу, то теперь срок сыска устанавливался в пять лет. Если крестьянина не обнаруживали за это время, он оставался жить на новом месте.