В то время как церковь твердила о богоизбранности православных русских, один из них, холоп Феодосии Косой, проповедовал равенство всех людей, народов, вер, общность имущества, неповиновение властям. Еретиков осуждали на церковных соборах, ссылали в дальние монастыри, казнили «лютой смертью». Многие из них, в том числе Косой, бежали за границу, где было свободнее и безопаснее.
В дополнение к этому с 1564 г. русские войска стали вновь терпеть в Ливонии одно поражение за другим. Крымский хан предпринял несколько дерзких набегов на южные русские земли.
Царь и его новые приближенные во всем обвиняли старое боярство, бывших помощников царя. Бегство бояр в Литву продолжалось. Наконец, летом 1564 г. в Литву бежал князь Курбский. Позднее историки обнаружили, что князь, имея сношения с польско-литовским королем, давно уже замышлял побег. Из Литвы Курбский прислал царю письмо с обвинениями в кровопийстве, насилии, гордыне. Он осуждал его самодержавные замашки, нежелание советоваться с боярами, с «всенародными человеки».
По существу, Курбский выступал за те порядки, которые утвердились во времена Избранной рады. В своем ответном письме царь отмел все обвинения князя и в свою очередь говорил о злодеяниях бояр и защищал принципы самодержавной власти.
А в Москве Боярская дума и духовенство твердо и открыто требовали от царя прекращения казней и восстановления нормального порядка управления. На все это царь ответил неожиданно.
В воскресный день 3 декабря 1564 г.
москвичи наблюдали странную и устрашающую картину. Из ворот Кремля выехала длинная процессия; царь со своей семьей, свитой, охраной. Такие выезды были и прежде, но этот отличался мрачностью, загадочностью. К тому же царь увозил с собой драгоценности, царскую казну, старинные иконы.
После месяца путешествия по Московскому уезду царь прибыл в Александрову слободу, где находился хорошо укрепленный царский дворец. Оттуда он направил письмо митрополиту, в котором сообщал, что оставил Москву из-за изменников.
Он перечислял все прегрешения бояр в период его малолетства и упрекал отцов церкви в заступничестве за этих злодеев. Особая грамота была направлена посадскому населению Москвы, всем «черным», т. е. простым, людям, в которой царь сообщал, что он ополчился на изменников — бояр, приказных людей, дворян, а на них, простых людей, зла не держит.
Через несколько дней в Москве прошла хорошо подготовленная заранее сцена.