Одно из главных обвинений против Берии заключалось в том, что во время гражданской войны, в 1919 году, он являлся агентом мусаватистской националистической разведки и якобы установил тайные контакты с британской спецслужбой в Баку, которая внедрила его в большевистскую организацию. В приговоре по его делу утверждалось, что Берия уничтожил всех свидетелей своего предательского поведения в годы гражданской войны на Кавказе и оклеветал память славного большевика Серго Орджоникидзе, героя грузинского народа и верного друга Ленина и Сталина.
Позднее, в 50-х годах и до августовского путча 1991 года, все руководители от Хрущева до Горбачева продолжали утверждать, что Орджоникидзе стал жертвой Сталина и Берии из-за своей оппозиции сталинским репрессиям 30-х годов. Однако архивные документы рисуют совершенно иную картину. По словам Мамулова, начальника секретариата Берии, Орджоникидзе подготовил и собственноручно написал заявление в Комиссию партконтроля, подтверждавшее, что Берия был послан коммунистической партией в организацию азербайджанских националистов, с тем, чтобы проникнуть в их спецслужбу.
Его работа там представляла ценность для большевистского подполья Баку в период 1918–1920 годов. Этот документ находится в «фонде Берии», в президентском архиве. Там же должны быть документы, подтверждающие личные конфликты Сталина с Орджоникидзе. Последний защищал отдельных людей, но нет никаких свидетельств того, что он в принципе возражал против арестов и репрессий.
В январе 1991 года в журнале «Известия ЦК КПСС» был неожиданно напечатан протокол Пленума ЦК по делу Берии.
Выступления на Пленуме Молотова, Маленкова, Хрущева, Микояна и других показывают, что обвинения против Берии основывались на слухах, которые сами же члены Президиума ЦК и распространяли. Протокол не содержит никаких прямых улик, зато пестрит неопределенными замечаниями: «Я думал», «С самого начала я ему не доверял» и тому подобное.
Вслед за арестом Берии, в конце июня или начале июля 1953 года, Маленков назначил секретаря ЦК партии Шаталина по совместительству первым заместителем министра внутренних дел, поручив ему курирование внешней разведки.
Я сразу же доложил ему о своей работе, направленной против американских стратегических баз, и попросил дальнейших указаний, показывая, что меня волнуют серьезные дела, а не интриги властей. Я попросил его санкционировать дальнейшее изучение боеготовности натовских баз. В ответ он заявил:
– Я здесь не для того, чтобы что-то решать.