С 1946 по 1949 год работал начальником УМГБ Горьковской области
«Ленинградское дело» совпало также с резким развенчанием Молотова, который, холь и оставался членом Политбюро, был снят с поста министра иностранных дел в марте 1949 года. Его сменил Вышинский. Молотов очень тяжело переживал арест жены, Полины Жемчужиной, еврейки; сначала ее обвинили в превышении власти и утере секретных документов (которые могли украсть и по указанию Сталина). По приказу Сталина под принуждением следователей, чтобы скомпрометировать Жемчужину в глазах мужа и Политбюро, двух ее подчиненных заставили оболгать ее и признаться, что они были с ней в интимной связи.
Она провела в тюрьме год, а потом ее выслали в Казахстан. Сталин надеялся получить от Жемчужиной компромат на Молотова. Ее арест держали в секрете, и я узнал о нем лишь перед самой смертью Сталина, когда Фитин, бывший в то время министром госбезопасности Казахстана, пожаловался мне, как тяжело лично отвечать за Жемчужину.
Игнатьев все время запрашивал о ней, пытаясь узнать о ее связях с сионистами и послом Израиля в СССР Голдой Мейер. В январе или феврале 1953 года Фитина вызвал Гоглидзе, первый заместитель министра госбезопасности, и приказал перевести Жемчужину на Лубянку. Фитин понял, что главной целью всего этого было обвинить Молотова в связях с сионистами, и забеспокоился, что изменения в руководстве могут коснуться тех, кто работал с Молотовым, в том числе и его.
В то время, в конце 1952 – начале 1953 года, мы не знали, что Сталин открыто выступил против Молотова и Микояна на Пленуме ЦК. Сталин объявил их заговорщиками. Он обвинил Молотова в том, что тот уступил перед шантажом и давлением со стороны империалистических кругов, подразумевая, что Жемчужина (хотя ее имя не было упомянуто) имела отношение к сионистскому заговору и тайным связям с Голдой Мейер.
Сразу после пленума от Молотова потребовали вернуть в секретариат Сталина оригиналы документов по пакту Молотова-Риббентропа, включая секретные протоколы.
С того дня и до тех пор, когда в 1992 году их опубликовали, они хранились в секретных архивах Политбюро. Я не исключаю возможности того, что Сталин собирался предъявить Молотову обвинения в прогерманских симпатиях или заискивании перед Гитлером во время этих тайных переговоров.