Успешный результат «Единства» (второе место) фактически гарантировал Путину победу на президентских выборах, так как уничтожил конкурирующий тандем Примакова — Лужкова. Однако это не принесло создателям партии ни дивидендов, ни благодарности Путина. Березовский через год уехал в добровольную эмиграцию в Лондон, почти все губернаторы, составившие костяк «Единства», тоже в скором времени лишились своих должностей. И у самого Шойгу в первые годы президентства Путина тоже было далеко не все в порядке.
Лидер «Единства» был категорически против слияния своего детища с блоком «Отечество — вся Россия», затеянным Владиславом Сурковым. Однако мнение министра Кремль решил проигнорировать, хоть Шойгу и получил символический пост сопредседателя «Единой России» (наряду с побежденными им мэром Москвы Лужковым и президентом Татарстана Шаймиевым).
Еще сложнее складывались отношения Шойгу с новой путинской элитой — бывшими сослуживцами Путина по ФСБ, которые взяли верх в новой администрации президента.
Авторитетный силовик из ельцинской команды оказался для них естественным противником. Лидером «Единой России» на выборах в Думу 2003 года стал уже не Шойгу, а новый министр внутренних дел Борис Грызлов, совершенно нехаризматичный, но послушный исполнитель, одноклассник директора ФСБ Николая Патрушева. За полгода до выборов, в июне 2003 года, Грызлов начал мощную пиар-кампанию — борьбу с коррупционерами в рядах собственного ведомства.
Образ сурового, но справедливого милиционера должен был понравиться избирателям. Разоблаченных сотрудников МВД в прессе называли «оборотнями в погонах». Однако руководителем преступной группы неожиданно оказался вовсе не милиционер, а генерал МЧС, ближайший подчиненный Сергея Шойгу. Зарабатывая предвыборные очки, глава МВД попутно «закапывал» собственного товарища по партии.
Партию трясло. В ней ходили слухи, что арестованный подчиненный Шойгу дал показания против своего босса, более того, признался на допросах, что самолеты МЧС ввозили в Россию наркотики из Таджикистана.
Эти слухи остались слухами, но положение министра сильно пошатнулось.
Однако лояльность и терпение помогли Шойгу пережить опалу. Единственным способом не потерять все было сохранение доступа к Путину. И здесь Шойгу смог использовать любовь президента к охоте и экстремальному отдыху, а также уникальный ресурс МЧС.
