Также для его умозаключений никак не послужило стимулом наблюдение во время пребывания на Галапагосских островах любопытного разнообразия клювов у вьюрков. Обычно рассказывают (или, по крайней мере, так у многих отложилось в памяти), будто, переезжая с острова на остров, Дарвин заметил, что на каждом из них клювы вьюрков были удивительно приспособлены для использования местных источников пищи — на одном острове они были крепкими и короткими, хорошо справлявшимися с раскалыванием орехов, тогда как на другом клювы были длиннее и тоньше и лучше подходили для вытаскивания пищи из трещин, — и это якобы навело его на мысль, что птицы не были созданы такими, но в известном смысле создали себя сами.
Птицы действительно сами сформировали себя, но заметил это не Дарвин. Ко времени путешествия на «Бигле» он только что окончил университет, еще не был опытным натуралистом и потому не обратил внимания, что все эти галапогосские птицы принадлежали к одной разновидности. То, что птицы, которых обнаружил Дарвин, все были вьюрками с разными способностями, понял его друг, орнитолог Джон Гулд.
К сожалению, Дарвин по неопытности не пометил, какие из птиц были на том или ином острове. (Подобную ошибку он допустил и с черепахами.) Потребовались годы, чтобы разобраться в этой путанице.
Из-за различных недосмотров и оплошностей и необходимости разбирать бесчисленные ящики с остальными образцами, прибывшими на «Бигле», только в 1842 году, спустя 5 лет после возвращения в Англию, Дарвин наконец взялся за первые наброски своей новой теории.
За два года он довел «наброски» до 230 страниц. А затем поступил крайне необычно: отложил свои записи на полтора десятка лет и занялся другими делами. Стал отцом десятерых детей, посвятил почти 8 лет написанию исчерпывающего опуса об усоногих раках («Я ненавижу усоногого рака, как ни один человек до меня», — вздыхал он по завершении труда, и его можно понять) и стал жертвой странной болезни, которая постоянно вызывала апатию, слабость и, по его словам, «действовала на нервы».
Симптомы почти всегда включали сильную тошноту и, как правило, также сильные сердцебиения, мигрень, дрожь, мелькание в глазах, одышку, головокружения и, что неудивительно, депрессию.
Причина заболевания так и не была установлена. Самое романтичное и, пожалуй, наиболее вероятное из многих предположений состоит в том, что он страдал от болезни Чагаса, мучительного тропического заболевания, которое подхватил в Южной Америке от укуса одного из видов жуков.